Naglabas ang FDA ng babala na ang pagkuha ng alcohol-based na hand sanitizer sa mga mata ng isang tao ay maaaring magresulta sa malubhang pinsala sa mata. Sa pagtaas ng paggamit ng mga hand sanitizer, tumaas ang bilang ng mga naturang pinsala. Pinakamataas ang panganib para sa mga bata, dahil maaaring hindi nila alam kung paano gumamit ng hand sanitizer nang ligtas, at ang mga dispenser ng hand sanitizer sa dingding o stand-mounted ay nasa antas ng mata para sa kanila kaya mas nasa panganib silang ma-splash kapag nagbibigay ng hand sanitizer.
Upang mabawasan ang panganib ng pinsala, ang hand sanitizer ay hindi dapat ilapat sa o sa paligid ng mata. Kapag ginamit ang hand sanitizer, ang mga kamay ay dapat na kuskusin hanggang sa ganap na sumingaw ang sanitizer at tuyo ang mga kamay. Kung may eye contact, agad na banlawan ang mata gamit ang tubig sa loob ng 15hanggang20 minuto. Humingi ng agarang tulong medikal kung patuloy ang pangangati.