Ang pagkolekta ng sample ay ginagawa ng mga kalahok na utility. Ang program na ito ay umaasa sa aming mga kasosyo sa utility para sa wastong pagkolekta, paghawak, at pag-iimbak ng sample hanggang sa makuha ang sample para dalhin sa laboratoryo, DCLS.
Mayroong dalawang pangunahing uri ng mga sample na kinokolekta: grab sample at composite sample.
- Ang mga sample ng grab ay isang sample na nakolekta sa isang sandali sa oras. Ang ganitong uri ng sample ay kumakatawan sa wastewater na dumadaloy sa planta ng paggamot sa sandaling iyon ay kinokolekta ang sample.
- Ang mga composite sample ay mga indibidwal na sample na nakolekta sa loob ng 24-oras na yugto ng panahon at pagkatapos ay pinagsama upang bumuo ng isang sample. Maaaring kolektahin ang mga sample batay sa isang nakatakdang oras (halimbawa, bawat 10 minuto) o depende sa kung gaano karaming daloy ang pumapasok sa wastewater treatment plant. Ang ganitong uri ng sample ay kumakatawan sa buong araw ng daloy sa wastewater treatment plant.
Nagbibigay ang utility ng karagdagang impormasyon (metadata) na kasama ng sample gaya ng oras ng pagkolekta ng sample, ang daloy para sa araw ng koleksyon, at ang sampling point. Ang mga sample ay kinokolekta lahat sa pasukan sa planta ng paggamot bago mangyari ang anumang makabuluhang pagproseso.
Ang mga sample ay ipinadala sa DCLS para sa konsentrasyon, pagkuha, at droplet digital polymerase chain reaction (ddPCR) analysis. Bago ang linggo ng Nobyembre 15, 2021, ang mga nakuhang sample ay ipinadala sa NELAP-Accredited na laboratoryo sa Hampton Roads Sanitation District (HRSD) para sa pagsusuri ng SARS-COV2 sa pamamagitan ng ddPCR. Ang target ng gene na ipinakita sa ulat na ito ay ddCoV_N, isang binagong bersyon ng N2 gene para sa ddPCR wastewater analysis[1]. Ang mga resulta ng quantification kung saan naobserbahan ang amplification sa mga no-template controls (NTC) ay inalis sa pagsusuri. Ang limitasyon ng pagtuklas para sa kasalukuyang bersyon ng laboratoryo protocol (v2.0) ay 6,200 mga kopya/L ng wastewater. Ang lahat ng mga konsentrasyon sa ibaba ng limitasyon ng pagtuklas ay itinalaga ng isang halaga na katumbas ng kalahati ng limitasyon ng pagtuklas.
| Bersyon ng Protocol ng Lab | Limit of Detection (LOD) | Mga Responsibilidad sa Laboratory |
| v2.0 | 6,200 | Konsentrasyon, pagkuha, at pagsusuri ng ddPCR: DCLS |
| v1.0 | 1,350 | Konsentrasyon at pagkuha: DCLS
Pagsusuri ng droplet digital polymerase chain reaction (ddPCR): HRSD |
Ang viral load ay kinakalkula batay sa Equation 1:
(1) Viral load (mga kopya/araw) = Viral conc. (mga kopya/L)∗Flow rate (MGD)∗(3785411.8 L/d)/(1 MGD)
Ang mga porsyento ay kinakalkula sa bawat site na batayan sa pamamagitan ng viral load, at pagkatapos ay ibinebin sa mga quintile (ibig sabihin, 0-19.9ika, 20-39.9ika, 40-59.9ika, 60-79. ika 9 , 80-100ika). Ang mga percentile na tukoy sa site ay nagbibigay ng sukatan upang ihambing ang data ng kasalukuyang linggo sa makasaysayang data ng site, na nagbibigay-daan para sa visualization ng kulay kung kailan naranasan ng bawat site ang pinakamataas laban sa pinakamababang pag-load.
Mga sanggunian
[1] Gonzalez, R., Larson, A., Thompson, H., Carter, E., at Cassi, XF (2021). Muling pagdidisenyo ng SARS-COV2 clinical RT-qPCR assays para sa wastewater RT-ddPCR. https://doi.org/10.1101/2021.03.02.21252754